| BRR2 | S. cerevisiae | U5 snRNP | PRP44, RSS1, SLT22, SNU246 | 246.2 | 245 |
| PRP8 | S. cerevisiae | U5 snRNP | DBF3, DNA39, RNA8, SLT21, USA2 | 279.5 | 236 |
| RSE1 | S. cerevisiae | 17S U2 snRNP | — | 153.8 | 119 |
| PRP19 | S. cerevisiae | PRP19 complex | PSO4 | 56.6 | 107 |
| SNU114 | S. cerevisiae | U5 snRNP | GIN10 | 114.0 | 97 |
| KEM1 | S. cerevisiae | | DST2, RAR5, SEP1, SKI1, XRN1 | 175.5 | 91 |
| SEN1 | S. cerevisiae | | CIK3, NRD2 | 252.5 | 72 |
| PRP46 | S. cerevisiae | PRP19 complex | NTC50 | 50.7 | 71 |
| CEF1 | S. cerevisiae | PRP19 complex | NTC85 | 67.7 | 66 |
| SYF1 | S. cerevisiae | PRP19 related | NTC90 | 100.2 | 64 |
| IMD4 | S. cerevisiae | | — | 56.4 | 59 |
| CLF1 | S. cerevisiae | PRP19 related | NTC77, SYF3 | 82.4 | 55 |
| PRP45 | S. cerevisiae | PRP19 related | FUN20 | 42.5 | 46 |
| PRP9 | S. cerevisiae | 17S U2 snRNP | — | 63.0 | 46 |
| CWC22 | S. cerevisiae | Recruited at Bact complex | — | 67.3 | 46 |
| CWC2 | S. cerevisiae | PRP19 related | NTC40 | 38.4 | 42 |
| SMB1 | S. cerevisiae | Sm | — | 22.4 | 39 |
| PAT1 | S. cerevisiae | | MRT1 | 88.5 | 37 |
| HSH155 | S. cerevisiae | 17S U2 snRNP | — | 110.0 | 37 |
| PAB1 | S. cerevisiae | | — | 64.3 | 35 |
| hypothetical protein | S. cerevisiae | | — | 163.0 | 31 |
| CDC40 | S. cerevisiae | Second step factors | PRP17, SLT15, SLU4 | 52.0 | 30 |
| hypothetical protein | S. cerevisiae | | CSN12 | 49.5 | 27 |
| CUS1 | S. cerevisiae | 17S U2 snRNP | — | 50.3 | 27 |
| LEA1 | S. cerevisiae | 17S U2 snRNP | — | 27.2 | 27 |
| ECM2 | S. cerevisiae | PRP19 related | SLT11 | 40.9 | 26 |
| SMD1 | S. cerevisiae | Sm | SPP92 | 16.3 | 26 |
| CWC27 | S. cerevisiae | Recruited at Bact complex | — | 35.0 | 26 |
| SMD3 | S. cerevisiae | Sm | SLT16 | 11.2 | 25 |
| PRP21 | S. cerevisiae | 17S U2 snRNP | SPP91 | 33.1 | 24 |
| BUD13 | S. cerevisiae | RES complex | CWC26 | 30.5 | 23 |
| YJU2 | S. cerevisiae | Recruited at Bact complex | CWC16 | 32.3 | 23 |
| SNF2 | S. cerevisiae | | GAM1, HAF1, SWI2, TYE3 | 194.1 | 23 |
| SSB1 | S. cerevisiae | | YG101 | 66.6 | 21 |
| CWC24 | S. cerevisiae | Recruited at Bact complex | — | 29.7 | 21 |
| HSH49 | S. cerevisiae | 17S U2 snRNP | — | 24.5 | 21 |
| PRP11 | S. cerevisiae | 17S U2 snRNP | RNA11 | 29.9 | 20 |
| GBP2 | S. cerevisiae | | RLF6 | 48.7 | 18 |
| SYF2 | S. cerevisiae | Recruited at C complex | NTC31 | 24.8 | 18 |
| ISY1 | S. cerevisiae | PRP19 related | NTC30, UTR3 | 28.0 | 17 |
| SMD2 | S. cerevisiae | Sm | — | 12.9 | 16 |
| RRP5 | S. cerevisiae | | — | 193.1 | 15 |
| CWC15 | S. cerevisiae | PRP19 complex | — | 19.9 | 14 |
| BUD31 | S. cerevisiae | PRP19 related | CWC14 | 18.4 | 12 |
| HRB1 | S. cerevisiae | | TOM34 | 52.1 | 12 |
| LSM2 | S. cerevisiae | LSm | SMX5, SNP3 | 11.2 | 10 |
| LSM6 | S. cerevisiae | LSm | — | 9.4 | 10 |
| UBP3 | S. cerevisiae | | BLM3 | 101.9 | 10 |
| RTS2 | S. cerevisiae | | — | 27.1 | 10 |
| RPC82 | S. cerevisiae | | RPC3 | 74.0 | 10 |
| SSA1 | S. cerevisiae | | YG100 | 69.7 | 9 |
| LSM4 | S. cerevisiae | LSm | SDB23, USS1 | 21.3 | 9 |
| MSL1 | S. cerevisiae | 17S U2 snRNP | YIB9 | 12.8 | 9 |
| NOP1 | S. cerevisiae | | LOT3 | 34.5 | 8 |
| CWC21 | S. cerevisiae | | — | 15.8 | 8 |
| PRP40 | S. cerevisiae | Recruited at A complex | — | 69.1 | 8 |
| PML1 | S. cerevisiae | RES complex | — | 23.7 | 8 |
| SMX3 | S. cerevisiae | Sm | — | 9.7 | 8 |
| YPP1 | S. cerevisiae | | — | 95.4 | 7 |
| RPO31 | S. cerevisiae | | RPC1, RPC160 | 162.3 | 7 |
| BRR1 | S. cerevisiae | | — | 39.9 | 7 |
| IST3 | S. cerevisiae | RES complex | SNU17 | 17.1 | 6 |
| VPS1 | S. cerevisiae | | GRD1, LAM1, SPO15, VPL1, VPT26 | 78.7 | 6 |
| SEC13 | S. cerevisiae | | ANU3 | 33.0 | 6 |
| PRP39 | S. cerevisiae | U1 snRNP | — | 74.7 | 6 |
| MRPL3 | S. cerevisiae | | — | 44.0 | 6 |
| DBP2 | S. cerevisiae | | — | 61.0 | 6 |
| SME1 | S. cerevisiae | Sm | — | 10.4 | 6 |
| RDS3 | S. cerevisiae | 17S U2 snRNP | — | 12.3 | 6 |
| HMO1 | S. cerevisiae | | HSM2 | 27.5 | 5 |
| STT4 | S. cerevisiae | | — | 214.6 | 5 |
| LSM7 | S. cerevisiae | LSm | — | 13.0 | 5 |
| SUP35 | S. cerevisiae | | GST1, PNM2, SAL3, SUF12, SUP2 | 76.6 | 4 |
| BRE5 | S. cerevisiae | | — | 57.7 | 4 |
| BFR1 | S. cerevisiae | | — | 54.6 | 4 |
| PRP6 | S. cerevisiae | U5 snRNP | RNA6, TSM7269 | 104.2 | 3 |
| MUD1 | S. cerevisiae | U1 snRNP | — | 34.4 | 3 |
| RPS13 | S. cerevisiae | | RPS13B, RPS13C | 17.0 | 3 |
| SLU7 | S. cerevisiae | Second step factors | SLT17 | 44.6 | 3 |
| LSM5 | S. cerevisiae | LSm | — | 10.4 | 3 |
| SNU71 | S. cerevisiae | Recruited at A complex | — | 71.4 | 3 |
| PRP38 | S. cerevisiae | Recruited at B complex | — | 28.0 | 3 |
| RPS22A | S. cerevisiae | | RPS24 | 14.6 | 3 |
| CTK3 | S. cerevisiae | | — | 34.8 | 3 |
| PRP24 | S. cerevisiae | | — | 50.8 | 3 |
| YSF3 | S. cerevisiae | 17S U2 snRNP | RCP10 | 10.0 | 3 |
| RET1 | S. cerevisiae | | PDS2, RPC128, RPC2 | 129.5 | 3 |
| MUD2 | S. cerevisiae | 17S U2 snRNP associated | — | 60.5 | 2 |
| SPP382 | S. cerevisiae | Recruited at B complex | CCF8, NTR1 | 83.0 | 2 |
| LSM3 | S. cerevisiae | LSm | SMX4, USS2 | 10.0 | 2 |
| FYV6 | S. cerevisiae | | — | 20.0 | 2 |
| HIR2 | S. cerevisiae | | SPT1 | 98.4 | 2 |
| CKB2 | S. cerevisiae | | — | 29.8 | 2 |
| SPP381 | S. cerevisiae | tri-snRNP | — | 33.8 | 1 |
| RPB5 | S. cerevisiae | | — | 25.1 | 1 |
| NTC20 | S. cerevisiae | | — | 16.0 | 1 |
| NAM8 | S. cerevisiae | U1 snRNP | MRE2, MUD15 | 57.0 | 1 |
| SNP1 | S. cerevisiae | U1 snRNP | — | 34.4 | 1 |
| LSM8 | S. cerevisiae | LSm | — | 12.4 | 1 |
| NTR2 | S. cerevisiae | | — | 36.6 | 1 |
| YHC1 | S. cerevisiae | U1 snRNP | — | 27.0 | 1 |
| SPP2 | S. cerevisiae | Recruited at Bact complex | — | 20.6 | 1 |
| SNU66 | S. cerevisiae | tri-snRNP | — | 66.4 | 1 |
